在核酸分子检测试剂开发中,除了反应体系的主要原材料(如引物探针、酶、缓冲液等)外,获得阳性质控品,以作体系测试验证材料,同样必不可少。没有靶标样品的研发测试,就如同无米之炊,体系的工作情况也就无从评估。因此,只有获得正确有用的阳性质控品,才能为产品的开发奠定基础。实际上,在阳性质控品的选择时,我们不仅要保“质”,也要求“量”。
一、临床样本
1.来源
临床样本直接取自检测对象,是较为理想的阳性质控品,也是临床检验中最真实的样本。原始的样本,具有完整全面的样本状态,涵盖了采样器材、保存介质和个体特质等信息。
2.优缺点
(1)优点:直接取自检测对象的实际样本,可真实反映产品使用时的全过程性能;同时真实样本含有的完全病原体状态(结构或基因序列完整),能够为研发提供灵活全面的测试要求。
(2)缺点:临床样本来源有限,无法稳定供应,而且不同样本间可能存在异质性,造成检测结果存在差异,影响产品的前期开发测试;另外,真实样本带有生物传染性,存在潜在的安全风险。
二、培养物
1.来源
真实临床样本的不可持续性和不确定性,易造成一锤子买卖,不利于研究测试。因此,对于一些可分离培养的病原体,人们在获得其种子株后,后续便可通过培养获得完整病原体。目前已有一些商业化的菌种库或病毒库,企业可从中购买病原株,再根据病原体特性,提供合适的条件,自行进行扩大培养。或者,也可从有资质的企业或机构中,直接购买培养物用于测试。
2.优缺点
(1)优点:人工培养,可连续制备,阳性质控品的来源稳定可靠;同样也是完整的病原微生物,可用于模拟真实临床样本,稳定性较好;
(2)缺点:菌种或病毒株来源有限,部分病原体(如病毒)难以通过培养获取;企业自行制备时,需有相应资质要求。
三、人工合成样本
1.质粒DNA
(1)来源
通过PCR扩增或化学合成获得目的基因片段后,将该片段插入质粒载体中,形成含有目的核酸序列的重组质粒,再将该重组质粒转化导入宿主中,筛选获得目标克隆,后续便可通过培养,获得大量含有目的核酸序列的重组质粒。
(2)优缺点
①优点:人工合成的DNA质粒,核酸序列明确;将目标序列插入质粒中,可稳定保存,也便于生产制备,成本较低;无感染性,使用起来安全方便。
②缺点:质粒为DNA序列,无法评估RNA的逆转录过程,也无法监测病原体的提取性能。
2.体外转录RNA
(1)来源
通过PCR扩增或合成等方法获得带有转录启动子序列的DNA片段,然后在RNA聚合酶(如T7或SP6等)作用下,转录生成含有目标核酸序列的RNA,再利用DNase消化去除DNA后,经过纯化获得目标RNA。另外,对于短片段的RNA,也可直接通过化学合成获得,无需体外转录过程。
(2)优缺点
①优点:核酸序列明确,可重复制备生产,无感染性。
②缺点:裸露的RNA,保存稳定性较差,也不能监测样本的提取过程。
3.假病毒
(1)来源
假病毒是一类嵌合型病毒颗粒,利用病毒载体在宿主中的自主包装特性,形成含有目标核酸序列的蛋白颗粒。在核酸分子检测中,常用于制备阳性质控品的假病毒包装系统有三种:
①慢病毒
慢病毒(Lentivirus)是反转录病毒科中的一个属,因其感染个体后,潜伏期较长而得此名,包含人类免疫缺陷病毒(HIV)、猴免疫缺陷病毒(SIV)、马传染性贫血(EIA)、猫免疫缺陷病毒(FIV)等。其中,以慢病毒为载体制备的假病毒,多是在HIV-1基因结构基础上建立起来的。
HIV-1编码的蛋白,根据其功能可分为三类:结构基因(gag、pol、env)、调节基因(tat、rev)和辅助基因(nef、vpr、vpu、vif)。其中gag、pol和env是慢病毒生存所需的基本基因,也是假病毒表达组装的基本结构蛋白。
在制备假病毒时,为了安全考虑,人们剔除了慢病毒的致病基因,也删除了一些非必要的附属基因,并把各功能基因分割至不同质粒中,形成了目前常用的第二代三质粒系统和第三代四质粒系统。
以三质粒系统为例,将含有目的核酸序列的转移质粒(Vectorplasmid)、包装质粒(Packing plasmid)和包膜质粒(Envelop plasmid)共转染宿主细胞(如293T)后,将在细胞内表达组装慢病毒,形成携带目的核酸序列的假病毒颗粒。由于慢病毒基因组为RNA,因此其组装而成的假病毒核酸物质为RNA。
②腺病毒
腺病毒(Adenovirus)是一种无包膜的线性双链DNA病毒,其中人腺病毒已知有50余种血清型。目前常用的腺病毒载体主要是基于血清型5(Ad5)建立的,其基因中的E1和E3被人工敲除,形成复制缺陷型病毒。其中,E1基因在组装感染性病毒颗粒时必不可少,可通过宿主细胞得到补充,而E3基因则不影响病毒的包装。
在制备腺病毒载体时,先将目的基因克隆至穿梭载体(Shuttle vector, 如图中的pAdTrack-CMV)后,再将其重组到腺病毒骨架质粒(Adenoviral backbone plasmid, 如图中的pAdEasy-1)上,最后在表达E1的宿主细胞系(如293细胞)中组装形成假病毒颗粒。由于腺病毒基因组为DNA,因此其形成的假病毒颗粒包裹的核酸序列为DNA。
③噬菌体
噬菌体(Phage)是一类感染细菌等微生物的病毒总称,其结构跟其它病毒一样,由其蛋白质外壳包裹着遗传物质(DNA或RNA)。目前用于制备假病毒的噬菌体大部分为侵染大肠杆菌的病毒,如大肠杆菌噬菌体MS2。
噬菌体假病毒制备时,先将含有大肠杆菌噬菌体MS2外壳蛋白的基因序列以及目标基因克隆到表达载体中,该载体可转录生成含有目标基因片段的RNA,同时其表达的MS2外壳蛋白,可将转录生成的RNA包裹形成RNA-蛋白质复合体,即噬菌体假病毒,也称为装甲RNA(Armored RNA)。另外,一些噬菌体的基因组可以是DNA,因此也可用于制备DNA假病毒。
(2)优缺点
①优点:假病毒核酸片段序列明确,生物安全性高;其结构与真病毒类似,蛋白外壳包裹着核酸,增强了核酸的保存稳定性,同时也可用于监测病原体的提取过程。
②缺点:假病毒的制备受一些专利保护,制备过程较为繁琐,而且由于病毒表面结构的差异,还无法充分模拟真实样本
四、总结
在核酸分子检测产品开发过程中,从反应体系的建立,到产品性能的验证,直至定型产品的质控,都离不开阳性质控品。只有获得品质合格的质控品,才能准确评估体系的优劣。
临床样本作为最优样本、培养物作为次优样本,在研发评估测试中的重要地位固然不容置疑,但受限于其来源不稳定、潜在风险高等因素,它们在前期研发测试中的使用频率并不高。特别是面对新发病原体时,样品本来就稀有、安全性更不可知,而体系又要评估,那么人工合成的样本便可就此展示其实用性。DNA质粒合成、RNA体外转录,这些制备周期短、生成量大的质控品,在前期研发测试中便可起到应急作用。而进一步,制备成相应的假病毒,就能更好的评估反应体系。特别是在RNA病毒检测时,假病毒的稳定性是体系测试的质量保障。
综合起来,作为核酸分子检测的阳性质控品,其来源和性能应足够稳定,使用时可监测样本从处理到检测的全过程,同时应具备较高的生物安全性。
资料来源:IVD技术咖
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